按照《國家食品藥品監督管理局主要職責內設機構和人員編制規定》（國辦發［2008］100號），日前，國家食品藥品監督管理局局務會審議通過了國家食品藥品監督管理局機關司局主要職責內設機構的相關規定，進一步明確和細化了國家食品藥品監督管理局機關各司局職能及機構設置。國家食品藥品監督管理局內部機構改革正在積極穩妥地實施當中。
國家食品藥品監督管理局機關主要職責內設機構有關規定摘要如下：
一、辦公室（規劃財務司）
組織協調局機關政務工作；負責局機關文電、會務、機要、檔案等機關日常運轉工作以及安全保密、政務公開、來信來訪、統計管理等工作；組織起草局重大工作計劃和重要文件；負責領導批示和重要政務的督辦；負責應急管理的組織協調；擬訂本系統中長期發展規劃和建設規劃并組織實施；擬訂局機關和直屬單位規劃、財務管理制度并組織實施；組織編制年度預決算并監督執行；綜合管理各類資金、資產、基本建設和政府采購工作；承擔本系統行政事業性收費的監督管理；負責對局機關財務和直屬單位的審計監督工作；指導本系統信息化建設；承辦局交辦的其他事項。
（一）綜合處（信訪辦公室）
承擔本室（司）工作計劃、會議組織、公文運轉、文書檔案、政務信息、督查督辦、安全保密、資產管理等綜合工作；組織協調局機關和直屬單位的綜合事務；承擔人民群眾來信來訪處理工作。
（二）秘書一處
擬訂局機關全國性會議計劃，承擔全國食品藥品監督管理工作會議的組織工作；承擔局務會和局長辦公會的組織工作；承擔重要政務事項的督辦工作；承擔局領導秘書工作，協調安排局領導活動；承擔重要接待工作；編報《每日要情》。
（三）秘書二處
組織起草局重要會議的領導講話、綜合性報告等重要文稿；組織起草局重大工作計劃和年度工作要點；參與全局性、綜合性政策調查研究工作；承擔政務信息管理工作，編報《上報信息》、《食品藥品監管簡報》；組織辦理全國人大代表建議和全國政協委員提案。
（四）應急管理處
承擔應急日常管理工作，擬訂應急預案，組織應急演練和應急隊伍培訓等；承擔對地方應急管理的指導工作；承擔局機關總值班工作，編報《值班信息》。
（五）文檔處
承擔局機關公文運轉、核稿和印章管理工作；承擔局機關機要、保密和檔案管理工作，并指導直屬單位相關工作；承擔局機關公文質量的指導和考核工作；承擔局政府信息公開的管理工作。
（六）發展規劃處
編制本系統中長期發展規劃、基礎設施建設規劃和裝備條件規劃并組織實施；擬訂局年度投資計劃并組織實施；承擔直屬單位基本建設項目的監督管理工作。
（七）預算管理處
組織編制部門預算、決算；承擔部門預算資金的申領與下達，監督預算的執行；組織協調中央補助地方專項建設項目，實施財務管理與監督，組織績效考評工作；擬訂直屬單位財務管理規章制度并監督實施；承擔局機關和直屬單位國有資產監督管理；承擔本系統行政事業性收費的監督管理；承擔局機關政府采購監督管理工作；承擔對局機關財務和直屬單位的審計監督工作。
（八）機關財務處
擬訂局機關財務管理制度并監督實施；組織編制局機關預算、決算；承擔局機關經費預算審核、日常資金核算等工作；承擔局機關有關經濟合同、協議等的審核和備案工作；歸口管理后勤服務合同等有關工作；承擔局房改辦公室相關工作。
二、政策法規司
組織開展食品藥品監督管理政策研究；參與起草食品藥品監督管理的有關法律法規和部門規章草案；提出立法規劃和計劃建議；承擔有關規范性文件的合法性審核工作；承擔行政執法監督工作；承擔有關行政復議、行政應訴和聽證等工作；組織本系統行政審批制度改革；指導本系統法制建設；承擔有關國家藥物政策和基本藥物制度的研究和協調工作；承擔新聞發布、宣傳報道、報刊出版管理相關工作；承擔涉及世界貿易組織的相關工作；承辦局交辦的其他事項。
（一）綜合處（行政復議辦公室）
承擔本司工作計劃、會議組織、公文運轉、文書檔案、政務信息、督查督辦、安全保密、資產管理等綜合工作；承擔行政復議、行政應訴、國家賠償、行政處罰聽證等工作；承擔執法檢查、行政執法責任制實施等行政執法監督工作；組織指導本系統法制建設和普法宣傳工作。
（二）法規處
擬訂食品藥品監督管理的有關法律、行政法規和部門規章草案；擬訂立法規劃和年度立法計劃；承擔食品藥品監督管理規范性文件的合法性審核工作；配合有關部門承擔食品藥品監督管理有關法律、行政法規和部門規章解釋工作。
（三）政策研究處
承擔食品藥品監督管理政策研究，協調并指導本系統相關的課題研究工作；組織全局性、綜合性政策調研；綜合收集、分析整理和報送重要政策研究成果；承擔體制改革研究、行政審批制度改革的相關工作；承擔有關國家藥物政策和基本藥物制度的研究和協調工作；承擔涉及世界貿易組織的相關工作。
（四）新聞處（新聞辦公室）
擬訂新聞宣傳規劃，提出新聞宣傳要點；組織開展新聞發布、宣傳報道等工作；組織實施食品藥品安全知識宣傳教育；承擔局報刊出版和音像資料等管理工作。
三、食品許可司
承擔保健食品、化妝品、消費環節食品衛生許可管理工作；擬訂保健食品、化妝品、消費環節食品衛生許可的有關規范并監督實施；擬訂保健食品標準和技術規范并監督實施；擬訂化妝品衛生標準和技術規范并監督實施；承擔保健食品、化妝品新原料使用、國產特殊用途化妝品生產和化妝品首次進口等的審批工作；承擔保健食品、化妝品檢驗檢測機構資格認定和監督管理;承辦局交辦的其他事項。
（一）食品處
承擔消費環節食品衛生許可管理工作；擬訂消費環節食品衛生許可管理辦法并監督實施；承擔保健食品、化妝品、消費環節食品行政許可相關數據庫和審批件的管理工作；承擔本司工作計劃、會議組織、公文運轉、文書檔案、政務信息、督查督辦、安全保密、資產管理等綜合工作。
（二）保健食品處
承擔保健食品的審批工作；擬訂保健食品標準、技術規范和研究指導原則；擬訂保健食品生產衛生許可管理辦法并監督實施；承擔保健食品檢驗檢測機構資格認定和監督管理。
（三）化妝品處
承擔化妝品新原料使用、國產特殊用途化妝品生產和化妝品首次進口等的審批工作；擬訂化妝品衛生標準、技術規范和研究指導原則；擬訂化妝品生產衛生許可管理辦法并監督實施；承擔化妝品檢驗檢測機構資格認定和監督管理。
