各省、自治區、直轄市衛生廳局、民政廳局、財政廳局、農業（林）廳（局、委）、中醫藥局：
新型農村合作醫療（以下簡稱新農合）制度是黨中央、國務院為解決農村居民看病就醫問題而建立的一項基本醫療保障制度，是落實科學發展觀、構建社會主義和諧社會的重大舉措。2003年以來，在各級政府的領導下，各有關部門共同努力，廣大農村居民積極參與，新農合工作取得了顯著成效。農村地區已全面建立起新農合制度，制度框架和運行機制基本建立，農村居民醫療負擔得到減輕，衛生服務利用率得到提高，因病致貧、因病返貧的狀況得到緩解。為貫徹《中共中央 國務院關于深化醫藥衛生體制改革的意見》精神，落實《國務院關于醫藥衛生體制改革近期重點實施方案（2009—2011年）》，現就鞏固和發展新農合制度提出如下意見。
一、明確目標任務，穩步發展新農合制度
在已全面建立新農合制度的基礎上，各地要以便民、利民、為民為出發點，大力加強制度建設，鞏固和發展與農村經濟社會發展水平和農民基本醫療需求相適應的、具有基本醫療保障性質的新農合制度，逐步縮小城鄉居民之間的基本醫療保障差距。逐步提高籌資標準和待遇水平，進一步調整和完善統籌補償方案，強化基金監督管理，讓參合農民得到更多實惠，增強新農合的吸引力，繼續保持高水平的參合率。從2009年下半年開始，新農合補償封頂線（最高支付限額）達到當地農民人均純收入的6倍以上。有條件的地區，可開展地市級統籌試點，逐步提高新農合統籌層次和管理層次，增強基金抗風險能力。
二、逐步提高籌資水平，完善籌資機制
要根據各級政府財力狀況和農民收入增長情況及承受能力，逐步提高財政補助標準及農民個人籌資水平，積極探索建立穩定可靠、合理增長的籌資機制。
2009年，全國新農合籌資水平要達到每人每年100元，其中，中央財政對中西部地區參合農民按40元標準補助，對東部省份按照中西部地區的一定比例給予補助；地方財政補助標準要不低于40元，農民個人繳費增加到不低于20元。東部地區的人均籌資水平應不低于中西部地區。
2010年開始，全國新農合籌資水平提高到每人每年150元，其中，中央財政對中西部地區參合農民按60元的標準補助，對東部省份按照中西部地區一定比例給予補助；地方財政補助標準相應提高到60元，確有困難的地區可分兩年到位。地方增加的資金，應以省級財政承擔為主，盡量減少困難縣（市、區）的負擔。農民個人繳費由每人每年20元增加到30元，困難地區可以分兩年到位。
各地要繼續堅持以家庭為單位自愿參加的原則，積極探索符合當地情況，農民群眾易于接受，簡便易行的新農合個人繳費方式。可以采取農民定時定點交納、委托鄉鎮財稅所等機構代收、經村民代表大會同意由村民委員會代收或經農民同意后由金融機構通過農民的儲蓄或結算賬戶代繳等方式，逐步變上門收繳為引導農民主動繳納，降低籌資成本，提高工作效率。
三、調整新農合補償方案，使農民群眾更多受益
各省（區、市）要加強對縣（市、區）的指導，進一步規范和統一全省（區、市）的新農合統籌補償方案，在綜合分析歷年補償方案運行和基金使用等情況的基礎上，結合籌資標準的提高，適當擴大受益面和提高保障水平。
開展住院統籌加門診統籌的地區，要適當提高基層醫療機構的門診補償比例，門診補償比例和封頂線要與住院補償起付線和補償比例有效銜接。開展大病統籌加門診家庭賬戶的地區，要提高家庭賬戶基金的使用率，有條件的地區要逐步轉為住院統籌加門診統籌模式。要擴大對慢性病等特殊病種大額門診醫藥費用納入統籌基金進行補償的病種范圍。要結合門診補償政策，合理調整住院補償起付線，適當提高補償比例和封頂線，擴大補償范圍。統籌補償方案要重點提高在縣、鄉、村級醫療機構醫藥費用和使用中醫藥有關費用的補償比例，引導農民在基層就醫和應用中醫藥適宜技術。縣內難以醫治的疑難雜癥按規定轉外就醫的，可適當提高補償比例，擴大補償范圍，進一步緩解農民患大病的醫藥費用負擔。
嚴格執行有關基金結余的規定。年底基金結余較多的地區，可以按照《衛生部關于規范新型農村合作醫療二次補償的指導意見》（衛農衛發〔2008〕65號）和《衛生部關于規范新型農村合作醫療健康體檢工作的意見》（衛農衛發〔2008〕55號）要求，開展二次補償或健康體檢工作，使農民充分受益。同時，結合實際適當調整下年度統籌補償方案，但不應將二次補償作為常規性補償模式。
此外，要做好新農合基金補償與公共衛生專項補助的銜接，新農合基金只能用于參合農民的醫藥費用補償，應由政府另行安排資金的基本公共衛生服務項目不應納入新農合補償范圍，重大公共衛生服務項目（如農村孕產婦住院分娩）應先執行國家專項補助，剩余部分中的醫藥費用再按新農合規定給予補償。有條件的地區可探索公共衛生經費和新農合基金的總額預付等多種支付管理辦法。
四、加大基金監管力度，確保基金安全運行
要認真執行財政部、衛生部下發的新農合基金財務會計制度。從基金的籌集、撥付、存儲、使用等各個環節著手，規范基金監管措施，健全監管機制，加強對基金運行情況的分析和監控，保障基金安全運行，確保及時支付農民醫藥費用的補償款。新農合基金要全部納入財政專戶管理和核算，并實行收支兩條線管理，專款專用。經辦機構應配備取得會計從業資格證書的專職財會人員，建立內部稽核制度，合理設置財務會計崗位，會計和出納不得由一人兼任。基金的使用和費用的補償，要堅持縣、鄉、村三級定期公示制度，完善群眾舉報、投訴、咨詢等農民參與監督管理的有效形式，暢通信訪受理渠道，及時處理群眾反映的問題。
為了保證各級新農合財政補助資金及時足額到位，進一步簡化補助撥付方式，從2009年起調整中央財政補助資金撥付辦法，采取年初預撥、年底結算的方式，加快審核下達中央財政補助資金，同時地方財政補助資金也要及時足額到位。各地要嚴格執行財政部發布的新農合補助資金國庫集中支付管理暫行辦法，保證各級財政補助資金直接撥付到縣級新農合基金專戶，杜絕新農合基金截留、滯留的現象。
